Scheffer har grundläggande dirigentutbildning genom kyrkomusikaliska examina, men den största betydelsen har fristående dirigentkurser för prof. Dan-Olof Stenlund (Musikkonservatoriet, Köpenhamn) och Jan Yngwe (Musikhögskolan vid Göteborgs universitet) haft. Även som dirigent har han en ovanlig bredd, med allt ifrån gospel och jazz till nutida samt klassisk musik, även om betoningen har legat på det sistnämnda. Scheffer bildade Korsdraget Gospel (sedermera Inspirit) redan 1996 och har sedan dess varit musikalisk ledare för, eller aktiv i, ett stort antal körer; Göteborgs Symfoniska kör, Örgryte kammarkör, Ingelstadkören, Linneryds, Sandra Sandsjö samt Urshults kyrkokör, m fl. Sedan 2005 är Scheffer konstnärlig ledare för Tingsryds Sinfonietta och som sådan även huskomponist och arrangör. Han invaldes som medlem i Svenska dirigentföreningen 2016.